{"id":13081,"date":"2023-11-17T11:25:09","date_gmt":"2023-11-17T17:25:09","guid":{"rendered":"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/?p=13081"},"modified":"2024-01-17T11:10:53","modified_gmt":"2024-01-17T17:10:53","slug":"matematicas-aplicadas-para-enfrentar-retos-biologicos-la-propuesta-interdisciplinaria-de-ernesto-perez-rueda","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/?p=13081","title":{"rendered":"Matem\u00e1ticas aplicadas para enfrentar retos biol\u00f3gicos: la propuesta interdisciplinaria de Ernesto P\u00e9rez Rueda"},"content":{"rendered":"<p><a href=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/PORTADANUEVA_PJESS-scaled.jpg\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"aligncenter wp-image-13165\" src=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/PORTADANUEVA_PJESS-scaled.jpg\" alt=\"\" width=\"622\" height=\"400\" srcset=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/PORTADANUEVA_PJESS-scaled.jpg 2560w, https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/PORTADANUEVA_PJESS-300x193.jpg 300w, https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/PORTADANUEVA_PJESS-1024x658.jpg 1024w, https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/PORTADANUEVA_PJESS-768x494.jpg 768w, https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/PORTADANUEVA_PJESS-1536x987.jpg 1536w, https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/PORTADANUEVA_PJESS-2048x1316.jpg 2048w\" sizes=\"auto, (max-width: 622px) 100vw, 622px\" \/><\/a><\/p>\n<div class=\"page\" title=\"Page 2\">\n<div class=\"section\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<p style=\"text-align: right;\">Mari\u0301a Josefa Santos-Corral*<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<div class=\"page\" title=\"Page 3\">\n<div class=\"section\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<p style=\"text-align: right;\">CIENCIA UANL \/ AN\u0303O 27, No.123, enero-febrero 2024<\/p>\n<p style=\"text-align: right;\"><a href=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/CIENCIA_DE_FRONTERA_123.pdf\">Descargar PDF<\/a><\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<div class=\"page\" title=\"Page 3\">\n<div class=\"section\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<p>Ernesto Pe\u0301rez Rueda tiene una licenciatura en Biologi\u0301a por la Facultad de Ciencias-UNAM; es maestro en Investigacio\u0301n Biome\u0301dica Ba\u0301sica y doctor en Ciencias\u00a0<span style=\"font-size: 0.95em;\">Biome\u0301dicas por el Centro de Investigacio\u0301n sobre Fijacio\u0301n de Nitro\u0301geno-UNAM. Su a\u0301rea de especialidad es la Bioinforma\u0301tica, en particular se ha ocupado de la comparacio\u0301n y reconocimiento de patrones para identificar elementos proteicos que definen el destino de la expresio\u0301n gene\u0301tica en microorganismos y, adicionalmente, junto con su equipo, ha desarrollado un enfoque novedoso en la comparacio\u0301n de vi\u0301as metabo\u0301licas, lo cual les permitio\u0301 colaborar con grupos internacionales. Sobre estos temas ha publicado ma\u0301s de 90 arti\u0301culos cienti\u0301ficos y dirigido tesis de licenciatura, maestri\u0301a y doctorado. En 2019 fue distinguido como Research Fellow del Centro de Geno\u0301mica y Bioinforma\u0301tica de la Universidad Mayor, en Chile. Actualmente es investigador titular C de la Unidad Me\u0301rida del Instituto de Investigaciones en Matema\u0301ticas Aplicadas y en Sistemas (IIMAS) de la UNAM.<\/span><\/p>\n<div id=\"attachment_13166\" style=\"width: 622px\" class=\"wp-caption aligncenter\"><a href=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/IMAGEN1-scaled.jpg\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" aria-describedby=\"caption-attachment-13166\" class=\"wp-image-13166\" src=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/IMAGEN1-scaled.jpg\" alt=\"\" width=\"612\" height=\"300\" srcset=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/IMAGEN1-scaled.jpg 2560w, https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/IMAGEN1-300x147.jpg 300w, https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/IMAGEN1-1024x502.jpg 1024w, https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/IMAGEN1-768x376.jpg 768w, https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/IMAGEN1-1536x752.jpg 1536w, https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/IMAGEN1-2048x1003.jpg 2048w\" sizes=\"auto, (max-width: 612px) 100vw, 612px\" \/><\/a><p id=\"caption-attachment-13166\" class=\"wp-caption-text\">Similitud de organismos. Los colores muestran la similitud que existe en el metabolismo y la regulaci\u00f3n gen\u00e9tica entre las diferentes bacterias que se analizan (Gal\u00e1n-V\u00e1squez y P\u00e9rez-Rueda, 2019).<\/p><\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<p><img decoding=\"async\" class=\"alignright\" src=\"data:image\/png;base64,iVBORw0KGgoAAAANSUhEUgAAAOYAAAAGCAYAAADXLuI5AAAAAXNSR0IArs4c6QAAAHhlWElmTU0AKgAAAAgABAEaAAUAAAABAAAAPgEbAAUAAAABAAAARgEoAAMAAAABAAIAAIdpAAQAAAABAAAATgAAAAAAArCRAAAJMwACsJEAAAkzAAOgAQADAAAAAQABAACgAgAEAAAAAQAAAOagAwAEAAAAAQAAAAYAAAAAXMbn5AAAAAlwSFlzAAALgwAAC4MBbL0AQQAAAElJREFUWAnt08ERACAIAzDw6biu4sDoGH2ECXop7Zm55QgQSBI4\/Yc5SYlkIUCg9oJAgECegGHmdSIRgTJMT0AgUMAwA0sRicADoY4IE3sG96cAAAAASUVORK5CYII=\" alt=\"page3image41640000\" width=\"229.039000\" height=\"5.575000\" \/><\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<p><a href=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/icono.jpg\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"size-full wp-image-13167 alignleft\" src=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/icono.jpg\" alt=\"\" width=\"79\" height=\"94\" \/><\/a><\/p>\n<div class=\"page\" title=\"Page 4\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<h4>\u00bfCo\u0301mo descubre su vocacio\u0301n?<\/h4>\n<div class=\"page\" title=\"Page 4\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<p>Es una pregunta realmente difi\u0301cil. Cuando cursaba la Facultad de Ciencias, en Ciudad Universitaria, me llamaban la atencio\u0301n muchi\u0301simos temas, de hecho, habi\u0301a uno que me encantaba: los dinosaurios. Teni\u0301a un profesor de Paleontologi\u0301a que estudiaba fo\u0301siles de estos animales, e\u0301l me acerco\u0301 a la investigacio\u0301n. Luego tuve otras influencias, entre ellas la de un catedra\u0301tico yucateco quien nos daba Bioqui\u0301mica y nos poni\u0301a a pensar en asuntos como la manera en que podri\u0301amos llegar a los resultados de las reacciones y que\u0301 posibilidades habi\u0301a de obtener el mismo producto.<\/p>\n<div class=\"page\" title=\"Page 4\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<p>Eso desperto\u0301 mi curiosidad. Adema\u0301s, pase\u0301 an\u0303o y medio en el Instituto de Investigaciones Biome\u0301dicas, trabajando con el mal de Chagas, lo que me acerco\u0301 a entender la enfermedad y a tener mi primer contacto directo con el sector que me intereso\u0301. Lo que no me gusto\u0301 fue vivir en la Ciudad de Me\u0301xico. Siempre quise irme. Asi\u0301, en 1993, cuando encontre\u0301 la oportunidad de hacer un posgrado en Cuernavaca, la tome\u0301. Ahi\u0301 conoci\u0301 al Dr. Julio Collado Vides, mi mentor de licenciatura, maestri\u0301a y doctorado, e\u0301l me involucro\u0301 directamente con la investigacio\u0301n y su proceso.<\/p>\n<p>Julio era un cienti\u0301fico que abordaba los problemas desde una perspectiva amplia, habi\u0301a estudiado en Estados Unidos y buscaba nuevas reglas para entender la Biologi\u0301a. Hacia mediados de los an\u0303os noventa empezamos a recopilar cientos de datos provenientes de diversas fuentes. Lo anterior fue el detonante que desperto\u0301 en mi\u0301 preguntas del tipo \u00bfque\u0301 puedo hacer en investigacio\u0301n?, \u00bfco\u0301mo? y, especi\u0301ficamente \u00bfco\u0301mo puedo entender la naturaleza a trave\u0301s de lo que hago? La primera respuesta que encontre\u0301 fue que una manera de entender la naturaleza es siguiendo la tendencia humana de clasificar. Asi\u0301 les explico a los alumnos: podemos\u00a0<span style=\"font-size: 0.95em;\">ordenar en categori\u0301as animales, plantas, etce\u0301tera, y con ello vamos entendiendo los procesos biolo\u0301gicos. Con estas preguntas, y sobre todo bajo la gui\u0301a de mi mentor, surgio\u0301 mi vocacio\u0301n.<\/span><\/p>\n<p><a href=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/BIOTEC2-scaled.jpg\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"aligncenter wp-image-13168\" src=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/BIOTEC2-scaled.jpg\" alt=\"\" width=\"500\" height=\"643\" srcset=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/BIOTEC2-scaled.jpg 1991w, https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/BIOTEC2-233x300.jpg 233w, https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/BIOTEC2-796x1024.jpg 796w, https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/BIOTEC2-768x988.jpg 768w, https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/BIOTEC2-1195x1536.jpg 1195w, https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/BIOTEC2-1593x2048.jpg 1593w\" sizes=\"auto, (max-width: 500px) 100vw, 500px\" \/><\/a><\/p>\n<p><a href=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/icono.jpg\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"size-full wp-image-13167 alignleft\" src=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/icono.jpg\" alt=\"\" width=\"79\" height=\"94\" \/><\/a><\/p>\n<div class=\"page\" title=\"Page 4\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<h4>\u00bfCo\u0301mo descubre su vocacio\u0301n?<\/h4>\n<div class=\"page\" title=\"Page 4\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<p>Es una pregunta realmente difi\u0301cil. Cuando cursaba la Facultad de Ciencias, en Ciudad Universitaria, me llamaban la atencio\u0301n muchi\u0301simos temas, de hecho, habi\u0301a uno que me encantaba: los dinosaurios. Teni\u0301a un profesor de Paleontologi\u0301a que estudiaba fo\u0301siles de estos animales, e\u0301l me acerco\u0301 a la investigacio\u0301n. Luego tuve otras influencias, entre ellas la de un catedra\u0301tico yucateco quien nos daba Bioqui\u0301mica y nos poni\u0301a a pensar en asuntos como la manera en que podri\u0301amos llegar a los resultados de las reacciones y que\u0301 posibilidades habi\u0301a de obtener el mismo producto.<\/p>\n<p>Eso desperto\u0301 mi curiosidad. Adema\u0301s, pase\u0301 an\u0303o y medio en el Instituto de Investigaciones Biome\u0301dicas, trabajando con el mal de Chagas, lo que me acerco\u0301 a entender la enfermedad y a tener mi primer contacto directo con el sector que me intereso\u0301. Lo que no me gusto\u0301 fue vivir en la Ciudad de Me\u0301xico. Siempre quise irme. Asi\u0301, en 1993, cuando encontre\u0301 la oportunidad de hacer un posgrado en Cuernavaca, la tome\u0301. Ahi\u0301 conoci\u0301 al Dr. Julio Collado Vides, mi mentor de licenciatura, maestri\u0301a y doctorado, e\u0301l me involucro\u0301 directamente con la investigacio\u0301n y su proceso.<\/p>\n<p>Julio era un cienti\u0301fico que abordaba los problemas desde una perspectiva amplia, habi\u0301a estudiado en Estados Unidos y buscaba nuevas reglas para entender la Biologi\u0301a. Hacia mediados de los an\u0303os noventa empezamos a recopilar cientos de datos provenientes de diversas fuentes. Lo anterior fue el detonante que desperto\u0301 en mi\u0301 preguntas del tipo \u00bfque\u0301 puedo hacer en investigacio\u0301n?, \u00bfco\u0301mo? y, especi\u0301ficamente \u00bfco\u0301mo puedo entender la naturaleza a trave\u0301s de lo que hago? La primera respuesta que encontre\u0301 fue que una manera de entender la naturaleza es siguiendo la tendencia humana de clasificar. Asi\u0301 les explico a los alumnos: podemos\u00a0<span style=\"font-size: 0.95em;\">ordenar en categori\u0301as animales, plantas, etce\u0301tera, y con ello vamos entendiendo los procesos biolo\u0301gicos. Con estas preguntas, y sobre todo bajo la gui\u0301a de mi mentor, surgio\u0301 mi vocacio\u0301n.<\/span><\/p>\n<p><a href=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/icono.jpg\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"size-full wp-image-13167 alignleft\" src=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/icono.jpg\" alt=\"\" width=\"79\" height=\"94\" \/><\/a><\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<div class=\"page\" title=\"Page 5\">\n<div class=\"section\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<h4>\u00bfQue\u0301 le hace transitar de la Biologi\u0301a<br \/>\na la Bioinforma\u0301tica?<\/h4>\n<div class=\"page\" title=\"Page 5\">\n<div class=\"section\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<p>Creo que mi carrera ha sido en buena medida consecuencia no se\u0301 si del azar o de la bu\u0301squeda de preguntas novedosas. Cuando llegue\u0301 a Cuernavaca, mi mentor trabajaba en grama\u0301tica generativa. Mi idea en ese momento era ocuparme en evolucio\u0301n. Teni\u0301amos en comu\u0301n que no haci\u0301amos experimentos. Yo era muy malo, no me sali\u0301an las cosas; e\u0301l realizaba trabajos teo\u0301ricos. Empezamos en lo que se habi\u0301a caracterizado como Biologi\u0301a computacional. Con el pasar del tiempo incursionamos en la Bioinforma\u0301tica, una combinacio\u0301n entre las ciencias computacionales y la Biologi\u0301a, que principalmente se aplica a la Biologi\u0301a molecular.<\/p>\n<p>En aquel entonces teni\u0301amos diversos datos en la computadora y deci\u0301amos, \u00bfy ahora que\u0301 hacemos?, \u00bfque\u0301 nos preguntamos? La respuesta la encontramos en dos vi\u0301as: una manual, como lo habi\u0301a hecho e\u0301l en su posdoctorado, o bien podi\u0301amos introducir conceptos informa\u0301ticos. Ahi\u0301 comenzamos a realizar trabajos en Bioinforma\u0301tica. Hablamos de 1994 o 1995, aproximadamente. Me gusto\u0301 porque tienes que interactuar con computo\u0301logos, matema\u0301ticos y fi\u0301sicos. Lo interesante es que con esa mezcla llegas a soluciones que a veces no son las esperadas. Asi\u0301 es la Biologi\u0301a. Lo que sigue es explicar, desde el punto de vista biolo\u0301gico, que\u0301 esta\u0301 ocurriendo, y eso te lleva a incursionar en otros temas; adema\u0301s precisas valerte de conceptos de campos disciplinares distintos: Estadi\u0301stica, Fi\u0301sica o Matema\u0301ticas.<\/p>\n<div class=\"page\" title=\"Page 6\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<p>Un ejemplo de lo anterior ocurrio\u0301 cuando, en 1996, aproximadamente a la mitad de mi doctorado, comenzo\u0301 el <em>boom<\/em> de las ciencias geno\u0301micas. El prea\u0301mbulo en el montaje de toda la tecnologi\u0301a y secuenciar el genoma humano. En 1995 aparece el primer organismo completamente secuenciado, la bacteria <em>Haemophilus influenzae<\/em>, que puede causar neumoni\u0301a. Esta\u0301bamos muy contentos porque teni\u0301amos el genoma completo de una bacteria, que aunque chiquitita, marca la carrera de toda la secuenciacio\u0301n de organismos que se han ido liberando. A la fecha debe haber cerca de 100,000 organismos completamente secuenciados. En un lapso de 25 an\u0303os pasamos de uno hasta 100,000, aproximadamente.<\/p>\n<p>Esto significa que en los noventa haci\u0301amos la comparacio\u0301n de un organismo contra otro, ahora la tenemos que hacer de 100,000 contra 100,000. Lo que dificulta tambie\u0301n encontrar y \u201climpiar\u201d las repeticiones. \u00bfCo\u0301mo quitamos ahora toda esa repeticio\u0301n, ese feno\u0301meno recurrente en las grandes bases de datos? Primero hay que estar al pendiente de todos los nuevos organismos secuenciados y, segundo, de las diferentes herramientas que ayudan con el ana\u0301lisis de grandes cantidades de informacio\u0301n.<\/p>\n<p>Al dimensionar el problema, puedo sen\u0303alar el caso de la mejor base de datos que conozco, una relacionada con la estructura de protei\u0301nas (el Protein Data Bank), tiene alrededor de 135,000 registros, los cuales puedes reducir a unos 50,000, o tal vez menos porque muchas son repeticiones. Ahora hay i\u0301ndices que tienen millones de secuencias, el desafi\u0301o es eliminar redundancia y, posteriormente, analizarlas.<\/p>\n<p><a href=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/icono.jpg\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"size-full wp-image-13167 alignleft\" src=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/icono.jpg\" alt=\"\" width=\"79\" height=\"94\" \/><\/a><\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<div class=\"page\" title=\"Page 7\">\n<div class=\"section\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<h4>\u00bfQue\u0301 retos supone trabajar desde la Biologi\u0301a con Matema\u0301ticas, integrar equipos, definir campos multidisciplinarios, abordajes, etce\u0301tera?<\/h4>\n<div class=\"page\" title=\"Page 7\">\n<div class=\"section\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<p>Eso si\u0301 nos ha costado. Sin embargo, hay ejemplos de colaboracio\u0301n bien interesantes, uno es el de un disen\u0303ador de algoritmos para hacer la comparacio\u0301n de protei\u0301nas, era fi\u0301sico, y ba\u0301sicamente la mayor parte de las notaciones que se han utilizado han sido disen\u0303adas por fi\u0301sicos, quienes ven la oportunidad de analizar las protei\u0301nas como si\u0301mbolos susceptibles de comparacio\u0301n. Ellos realizan los avances ma\u0301s significativos. En mi caso ha sido un poco difi\u0301cil la interaccio\u0301n con gente de otra a\u0301rea; sobre todo explicar el feno\u0301meno que queremos explorar.<\/p>\n<p>Tal vez el e\u0301xito ma\u0301s sobresaliente que hemos tenido es con una colega del IIMAS, en Ciudad Universitaria, quien labora con algoritmos gene\u0301ticos y fue mi entrada al Instituto. Ha sido difi\u0301cil hablar o explicar los feno\u0301menos que nos interesan a los matema\u0301ticos. Hemos tenido poca interaccio\u0301n. Hay una cierta barrera, no digo con todos, pero si\u0301 para que los bio\u0301logos sean aceptados en Matema\u0301ticas y los matema\u0301ticos en Biologi\u0301a. Se siguen viendo separadas, creo que nos falta ampliar nuestra perspectiva e integrarnos mejor.<\/p>\n<p><a href=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/icono.jpg\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"size-full wp-image-13167 alignleft\" src=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/icono.jpg\" alt=\"\" width=\"79\" height=\"94\" \/><\/a><\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<div class=\"page\" title=\"Page 8\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<h4>\u00bfEn que\u0301 aporta a sus investigaciones el estar en un centro de Matema\u0301ticas aplicadas?<\/h4>\n<div class=\"page\" title=\"Page 8\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<p>Me ha ayudado. Aunque estoy en el IIMAS-Me\u0301rida, considero que me pierdo de las cosas que ocurren en Ciudad Universitaria, donde se encuentra lo fuerte del Instituto, asi\u0301 que me he tenido que ir adaptando a lo que tenemos en Yucata\u0301n, lo que no es nuevo, pues tambie\u0301n lo hice cuando me encontraba en Cuernavaca, primero en el Centro de Ciencias Geno\u0301micas y despue\u0301s en el Instituto de Biotecnologi\u0301a; en ambos casos mi a\u0301rea de interaccio\u0301n era principalmente con bio\u0301logos, aunque hablaba con algunos fi\u0301sicos que se ubicaban el Instituto de Fi\u0301sica.<\/p>\n<p>La relacio\u0301n no era muy buena, sobre todo porque a veces no lograba explicar la idea o ellos no se mostraban muy interesados en lo que haci\u0301amos. Y ahora, en el Instituto, tengo dos colaboradores muy cercanos, uno que se especializa en algoritmos gene\u0301ticos y otro en teori\u0301a de redes. Entonces, tengo personal muy cercano que me ayuda a resolver los problemas, sobre todo de la parte de disen\u0303o de algoritmos.<\/p>\n<p><a href=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/icono.jpg\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"size-full wp-image-13167 alignleft\" src=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/icono.jpg\" alt=\"\" width=\"79\" height=\"94\" \/><\/a><\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<div class=\"page\" title=\"Page 8\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<h4>\u00bfQue\u0301 aplicaciones han tenido sus trabajos acade\u0301micos?<\/h4>\n<div class=\"page\" title=\"Page 8\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<p>El grupo de bioinforma\u0301tica y geno\u0301mica comparativa en el que colaboro codifica genes de ciertos organismos, para despue\u0301s tomarlos de referencia en la anotacio\u0301n de otros. A partir de ello puede caracterizar y buscar propiedades de e\u0301stos; verbigracia, las enzimas que degradan el pla\u0301stico se caracterizan en un organismo y luego se pueden buscar en otros, utilizando algoritmos de comparacio\u0301n de patrones.<\/p>\n<div class=\"page\" title=\"Page 9\">\n<div class=\"section\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<p>Este equipo esta\u0301 dividido en dos grandes li\u0301neas: la primera trata de entender co\u0301mo se regulan los genes en los organismos, sobre todo en bacterias. En la segunda comparamos y analizamos las vi\u0301as metabo\u0301licas de los organismos. En ambas hemos tenido avances significativos. En especi\u0301fico, al observar el repertorio de protei\u0301nas que regulan la especie gene\u0301tica en un organismo moderno. El trabajo pionero (publicado en 1998) fue sobre <em>Escherichia coli<\/em>.<\/p>\n<p>En el caso del metabolismo, nuestro grupo ha logrado obtener dos cosas: la perspectiva meramente teo\u0301rica, la parte filoso\u0301fica o evolutiva; la otra, en la que nos desempen\u0303amos actualmente, tiene una aplicacio\u0301n ma\u0301s biotecnolo\u0301gica: mostrar que hay rutas alternativas a las vi\u0301as metabo\u0301licas principales. Esto significa que, si bien hay una vi\u0301a principal, que suele ser la que ma\u0301s se ha estudiado, hay alternativas que incluso pueden estar ma\u0301s conservadas. Con ello podemos trazar nuevos caminos en la produccio\u0301n de un compuesto parecido, tal vez, con mayor eficiencia.<\/p>\n<div class=\"page\" title=\"Page 9\">\n<div class=\"section\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<p>Si lo aterrizas a la Biotecnologi\u0301a, significa la construccio\u0301n de compuestos por rutas menos costosas. Adicionalmente, hemos trabajado en colaboracio\u0301n con gente de Yucata\u0301n, en el dise- n\u0303o de vacunas. Con ellos analizamos algunas protei\u0301nas del virus chikungunya, un problema muy serio en la peni\u0301nsula. Identificamos por aquellas regiones las protei\u0301nas de este virus con una alta capacidad inmunoge\u0301nica. Utilizamos herramientas computacionales y las contrastamos con la informacio\u0301n reportada en la bibliografi\u0301a. Ahora mismo esperamos los ana\u0301- lisis experimentales.<\/p>\n<p>Tambie\u0301n, con colegas de Ensenada, llevamos tiempo ocupa\u0301ndonos en una protei\u0301na que se utiliza en el combate de leucemia infantil. En principio se podri\u0301a obtener de una manera ma\u0301s fa\u0301cil y barata. Se identifican las regiones\u00a0<span style=\"font-size: 0.95em;\">inmunoge\u0301nicas, se enmascaran y que no desencadenen la respuesta inmune en el humano, pero si\u0301 dejarlas directamente sobre las ce\u0301lulas cancerosas. La idea es que este vehi\u0301culo llegue a ellas envuelto en una carcasa, se abra y libere la protei\u0301na, a manera de caballo de Troya.<\/span><\/p>\n<div id=\"attachment_13169\" style=\"width: 707px\" class=\"wp-caption aligncenter\"><a href=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/CHINKUNGUYA.jpg\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" aria-describedby=\"caption-attachment-13169\" class=\"wp-image-13169\" src=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/CHINKUNGUYA.jpg\" alt=\"\" width=\"697\" height=\"300\" srcset=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/CHINKUNGUYA.jpg 2550w, https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/CHINKUNGUYA-300x129.jpg 300w, https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/CHINKUNGUYA-1024x441.jpg 1024w, https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/CHINKUNGUYA-768x330.jpg 768w, https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/CHINKUNGUYA-1536x661.jpg 1536w, https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/CHINKUNGUYA-2048x881.jpg 2048w\" sizes=\"auto, (max-width: 697px) 100vw, 697px\" \/><\/a><p id=\"caption-attachment-13169\" class=\"wp-caption-text\">Virus chikunguya. Los colores muestran las regiones con potencial antig\u00e9nico para la respuesta inmune (S\u00e1nchez-Burgos <em>et al<\/em>., 2021).<\/p><\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<p><a href=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/icono.jpg\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"size-full wp-image-13167 alignleft\" src=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/icono.jpg\" alt=\"\" width=\"79\" height=\"94\" \/><\/a><\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<div class=\"page\" title=\"Page 10\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<h4>\u00bfDo\u0301nde considera que han estado sus aportes ma\u0301s importantes:Biologi\u0301a, Matema\u0301ticas, un nuevo campo disciplinar?&#8230;<\/h4>\n<div class=\"page\" title=\"Page 10\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<p>Creo que en Biologi\u0301a. En este momento estoy colaborando con un estudiante de doctorado en el disen\u0303o de te\u0301cnicas de <em>machine learning<\/em> en el ana\u0301lisis de secuencias de DNA, una especie de clasificador. Alli\u0301 la aportacio\u0301n va en dos sentidos: uno, el algoritmo tal cual para clasificar; utilizamos las propiedades biofi\u0301sicas de los nucleo\u0301tidos y convertirlos en atributos nume\u0301ricos. Vemos una cadena de ADN como si fueran atributos nume\u0301ricos y los compara<span style=\"font-size: 0.95em;\">mos, esto nos lleva a encontrar una regio\u0301n importante con una funcio\u0301n determinada. Ese es el aporte en la parte biolo\u0301gica, es decir, vamos a ver cua\u0301les son las regiones que identificamos sin considerar la secuencia.<\/span><\/p>\n<div class=\"page\" title=\"Page 11\">\n<div class=\"section\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<p>El segundo aporte es en la parte informa\u0301tica, el disen\u0303o del algoritmo que toma en cuenta datos biofi\u0301sicos. Ahi\u0301 convergen varias aristas: Biofi\u0301sica, Fi\u0301sica y co\u0301mputo, donde tenemos que llevar a cabo el disen\u0303o de un algoritmo que nos analiza la secuencia. Ejemplo de lo anterior es lo que hicimos con Edgardo Gala\u0301n, del IIMAS; analizamos, desde la teori\u0301a de redes, la interaccio\u0301n de los distintos fa\u0301rmacos aprobados por la Federal Drug Agency (FDA) de Estados Unidos con protei\u0301nas y genes. Encontramos que un mismo fa\u0301rmaco puede reconocer distintas cosas.<\/p>\n<div class=\"page\" title=\"Page 11\">\n<div class=\"section\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<p>Hay medicamentos agresivos recetados en el tratamiento de Alzheimer, o esquizofrenia, con ma\u0301s efectos secundarios que beneficios. Para ilustrar mencionare\u0301 la amoxapine, prescrita como antidepresivo, reconoce los mismos blancos que otros 380 fa\u0301rmacos; sin embargo, los otros blancos que reconoce se asocian a medicamentos que tratan alcoholismo, alergias o hiperplasia prosta\u0301tica. De ahi\u0301 derivan montones de situaciones, una de ellas el reposicionamiento de medicinas, ba\u0301sicamente lo que hicieron cuando la pandemia de COVID. Si bien no inventamos nada nuevo, encontramos cua\u0301l es la diversidad de drogas que reconocen todas las diferentes protei\u0301nas y cua\u0301les son reconocidas por la mayor canti- dad de fa\u0301rmacos. Hay cosas muy interesantes y que podri\u0301an ser preocupantes, por ejemplo, existe un gen reconocido hasta por 15 medicamentos contra 15 enfermedades.<\/p>\n<p>En esa misma li\u0301nea trabajamos con un colega del IPN, analizando los genes que se expresan en diversas condiciones de ca\u0301ncer de mama. Los identificamos utilizando una metodologi\u0301a de redes, para saber cua\u0301les esta\u0301n ma\u0301s\u00a0<span style=\"font-size: 0.95em;\">conectados entre las distintas condiciones. Lo que sigue es encontrar los fa\u0301rmacos reconocidos por estos genes sobreexpresados. Posteriormente queremos, desde el campo del <em>docking<\/em>, descubrir nuevas interacciones entre medicamentos y protei\u0301nas.<\/span><\/p>\n<p><a href=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/CELULITA-scaled.jpg\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"aligncenter wp-image-13170\" src=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/CELULITA-scaled.jpg\" alt=\"\" width=\"640\" height=\"400\" srcset=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/CELULITA-scaled.jpg 2560w, https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/CELULITA-300x187.jpg 300w, https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/CELULITA-1024x640.jpg 1024w, https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/CELULITA-768x480.jpg 768w, https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/CELULITA-1536x960.jpg 1536w, https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/CELULITA-2048x1280.jpg 2048w\" sizes=\"auto, (max-width: 640px) 100vw, 640px\" \/><\/a><\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<p><a href=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/icono.jpg\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"size-full wp-image-13167 alignleft\" src=\"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/wp-content\/uploads\/2023\/11\/icono.jpg\" alt=\"\" width=\"79\" height=\"94\" \/><\/a><\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<div class=\"page\" title=\"Page 12\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<div class=\"page\" title=\"Page 12\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<h4>\u00bfQue\u0301 le ha dado la UNAM al doctor Pe\u0301rez Rueda y usted que\u0301 le ha dado a la institucio\u0301n?<\/h4>\n<div class=\"page\" title=\"Page 12\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<p>Yo te puedo decir que la UNAM me ha dado todo. Me ha permitido crecer como investigador, como persona. Soy universitario desde 1986, cuando ingrese\u0301 al CCH Sur, a los 14 an\u0303os, todavi\u0301a recuerdo mi nu\u0301mero de matri\u0301cula. La UNAM me ha permitido crecer y me ha otorgado libertad de indagar lo que considero interesante.<\/p>\n<p>Pienso que le he regresado mucho menos de lo que ella me ha dado, y citari\u0301a que he tratado de devolver lo recibido formando estudiantes, lo ma\u0301s importante del quehacer de la UNAM, o al menos mi labor ma\u0301s importante. Me gusta muchi\u0301simo la investigacio\u0301n, me apasiona. Diri\u0301a Dobzhansky: \u00abNada tiene sentido en Biologi\u0301a si no esta\u0301 en la luz de la revolucio\u0301n\u00bb. Yo diri\u0301a, retoma\u0301ndolo: la investigacio\u0301n no tiene ningu\u0301n sentido si no es a la luz de la formacio\u0301n de estudiantes. Si no formas estudiantes, no hay sentido. Algo que siempre les digo a los jo\u0301venes, cuando ingresan, es que la u\u0301nica diferencia entre ellos y yo es el tiempo que tenemos dedicados al tema, al a\u0301rea. Los veo como colegas en ciernes, simplemente porque esta\u0301n empezando.<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<p style=\"text-align: right;\">*Universidad Nacional Auto\u0301noma de Me\u0301xico, Ciudad de Me\u0301xico, Me\u0301xico.<br \/>\nContacto: mjsantos@sociales.unam.mx<\/p>\n<div class=\"page\" title=\"Page 13\">\n<div class=\"section\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<h4><\/h4>\n<h4>REFERENCIAS<\/h4>\n<div class=\"page\" title=\"Page 13\">\n<div class=\"section\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<p>Gala\u0301n-Va\u0301squez, E., y Pe\u0301rez-Rueda, E. (2019). Identification of Modules With Similar Gene Regulation and Metabolic Functions Based on Co-expression Data. <em>Front. Mol. Biosci<\/em>. 6:139. https:\/\/doi.org\/10.3389\/fmolb.2019.00139<\/p>\n<div class=\"page\" title=\"Page 13\">\n<div class=\"section\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<p>Marti\u0301nez, G.S., Pe\u0301rez-Rueda, E., Sarkar, S., <em>et al<\/em>. (2022). Machine learning and statistics shape a novel path in archaeal promoter annotation. <em>BMC Bioinformatics<\/em>. 23:171. https:\/\/doi.org\/10.1186\/s12859-022-04714-x<\/p>\n<div class=\"page\" title=\"Page 13\">\n<div class=\"section\">\n<div class=\"layoutArea\">\n<div class=\"column\">\n<p>Sa\u0301nchez-Burgos, G.G., <em>et al<\/em>. (2021). In Silico Identification of Chikungunya Virus Band T-Cell Epitopes with High Antigenic Potential for Vaccine Development. <em>Viruses<\/em>. 13:2360. https:\/\/doi.org\/10.3390\/v13122360<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Mari\u0301a Josefa Santos-Corral* CIENCIA UANL \/ AN\u0303O 27, No.123, enero-febrero 2024 Descargar PDF &nbsp; Ernesto Pe\u0301rez Rueda tiene una licenciatura en Biologi\u0301a por la Facultad de Ciencias-UNAM; es maestro en Investigacio\u0301n Biome\u0301dica Ba\u0301sica y doctor en Ciencias\u00a0Biome\u0301dicas por el Centro de Investigacio\u0301n sobre Fijacio\u0301n de Nitro\u0301geno-UNAM. Su a\u0301rea de especialidad es la Bioinforma\u0301tica, en particular se ha ocupado de la [&#8230;]<\/p>\n","protected":false},"author":4,"featured_media":13165,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_monsterinsights_skip_tracking":false,"_monsterinsights_sitenote_active":false,"_monsterinsights_sitenote_note":"","_monsterinsights_sitenote_category":0,"footnotes":""},"categories":[9],"tags":[],"class_list":["post-13081","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-ciencia-de-frontera"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/13081","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/4"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=13081"}],"version-history":[{"count":3,"href":"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/13081\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":13211,"href":"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/13081\/revisions\/13211"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/media\/13165"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=13081"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=13081"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/cienciauanl.uanl.mx\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=13081"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}